Официально считается, что село Маали образовалось в 1585 году.
До маалинцев на территории нынешнего села Маали жили грузины. По одним сведениям, в X–XI веках грузинские крестьяне перебрались сюда в поисках лучшей жизни. По другим — грузинская царица Тамара насильно переселяла сюда своих подданных.
В конце XIV века грузины покинули эти места и перебрались на свою историческую родину. После ухода грузин на территории нынешнего Маали стали хозяйничать кудалинцы (жители села Кудали Гунибского района). Первое время кудалинцы занимались здесь охотой и собирательством. Со временем некоторые из них остались здесь жить и основали селение Маали.
Некоторые другие факты из истории села Маали:
К концу XVIII века в Маали уже существовало своё отдельное сельское вольное общество.
В 1847 году маалинцы активно участвовали в сражениях за Гергебиль и Салта.
В 1877 году с центром в с. Согратль произошло восстание «малый газават», в котором маалинцы принимали самое активное участие.
20 января 1921 года по декрету ВЦИК был образован сельский Совет селения Маали Гунибского округа.
В 1936 году в селении Маали был создан колхоз им. Жданова.
С 1944 года селение Маали входит в Гергебильский район.